人間に適した海洋ペットを作るため、ツナミ先生率いるブーツ研究所はビキニボトムの住人を全員捕獲しました。スポンジ・ボブとリスのサンディ・チークスはビキニボトムを救うために人間界に行くことを決意し、スリル満点の冒険に乗り出します。スポンジ・ボブとサンディはテキサスでガラガラヘビに襲われました。サンディの家族が2人の脱出を助け、ブート・ラボまで護衛しました。研究所では、誰もがツナミさんの邪悪な計画を目撃しました。スポンジ・ボブは邪悪なクローン計画の犠牲者として捕らえられ、命が危ぶまれました。危機的な瞬間、サンディは知恵を駆使し、イカルド、パトリック、カーニ、その他のビキニボトムの友人たち、そしてチークス一家の助けを借りて、すべての困難を克服し、ツナミさんのクローン計画を阻止することに成功しました。